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FSL tips: 並列化

MRI画像解析ソフトのFSLの処理は基本シングルスレッドなので、せっかくcore i のCPUで4つとか8つとかスレッドがあっても有効活用できずにもったいない。

FSLには昔の名残でSUNのグリッドエンジン用のオプションがあるが、今は並列化のミドルウェアのCondor (HTConcor)に対応している

Linuxやマック用のCondorがインストールできたら、FSLの設定ファイルにCondorの変数を入れたらもう使える。tbss_*が並列化できるので嬉しい。(CPUの数だけ速くなる。)

export FSLPARALLEL=condor

randomizeには並列用の別のコマンド(randomize_parallel)がある。

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