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FSL tips: 並列化

MRI画像解析ソフトのFSLの処理は基本シングルスレッドなので、せっかくcore i のCPUで4つとか8つとかスレッドがあっても有効活用できずにもったいない。

FSLには昔の名残でSUNのグリッドエンジン用のオプションがあるが、今は並列化のミドルウェアのCondor (HTConcor)に対応している。

Linuxやマック用のCondorがインストールできたら、FSLの設定ファイルにCondorの変数を入れたらもう使える。tbss_*が並列化できるので嬉しい。(CPUの数だけ速くなる。)

export FSLPARALLEL=condor

randomizeには並列用の別のコマンド(randomize_parallel)がある。

About Keiichi Yasu

音声・音響・聴覚情報処理に興味がある研究者。現在は吃音についての研究を行っている。Linuxを1998年より嗜む。

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diary

短信 2015/11/27

ここ最近はMRIの機械・データと戯れる日々が続いている。
脳画像のデータ解析はUNIX系(Linux)のソフトが多いので、昔とった杵柄で捗る。
ただ、神経科学系の知識が追いついていないのがつらい(常識が抜けいている)。
行動実験のデータをまとめて論文も書いている。
職場の報告書も山場である。

写真をとる余裕があまりないのがいけない(と言いつつも、DP3m+つけっぱなしフードで帯同させている)。
先日Jetstarと夜行バスで松山に帰ったりしていた。
かなりの強行スケジュールだが道後温泉の効果か、疲れはあまりないのが幸い。
相方がもらってきた金魚を飼いはじめたが、結局死んでしまったのが悲しい。

Jetstar and Vanilla

About Keiichi Yasu

音声・音響・聴覚情報処理に興味がある研究者。現在は吃音についての研究を行っている。Linuxを1998年より嗜む。