fsl – Techdays

MRI画像解析ソフトのFSLの処理は基本シングルスレッドなので、せっかくcore i のCPUで4つとか8つとかスレッドがあっても有効活用できずにもったいない。

FSLには昔の名残でSUNのグリッドエンジン用のオプションがあるが、今は並列化のミドルウェアのCondor (HTConcor)に対応している。

Linuxやマック用のCondorがインストールできたら、FSLの設定ファイルにCondorの変数を入れたらもう使える。tbss_*が並列化できるので嬉しい。(CPUの数だけ速くなる。)

export FSLPARALLEL=condor

randomizeには並列用の別のコマンド(randomize_parallel)がある。

音声・音響・聴覚情報処理に興味がある研究者。現在は吃音についての研究を行っている。Linuxを1998年より嗜む。